Realizuje zadania kontroli określone w ustawie o finansach publicznych w jednostkach oraz innych podmiotach otrzymujących środki finansowe z budżetu województwa, poprzez: 1) opracowywanie rocznego planu kontroli; 2) prowadzenie kontroli planowych i pozaplanowych, w celu dostarczenia marszałkowi obiektywnej i niezależnej opinii dotyczącej funkcjonowania kontroli zarządczej, która powinna zapewniać w szczególności: a) zgodność działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi; b) skuteczność i efektywność działania; c) wiarygodność sprawozdań; d) ochronę zasobów; e) przestrzeganie i promowanie zasad etycznego postępowania; f) efektywność i skuteczność przepływu informacji; g) zarządzanie ryzykiem. 3) sporządzanie dokumentacji kontrolnej, w szczególności protokołów z przeprowadzonych kontroli, wystąpień pokontrolnych; 4) w ramach stwierdzonych nieprawidłowości sporządzanie zawiadomień do rzecznika dyscypliny finansów publicznych o naruszeniu dyscypliny finansów publicznych oraz zawiadomień do innych właściwych organów; 5) opracowywanie rocznych sprawozdań z przeprowadzonych kontroli; 6) gromadzenie, przechowywanie, udostępnianie dokumentacji z przeprowadzonych kontroli; 7) prowadzenie akt kontroli, w celu gromadzenia informacji dotyczących obszarów, które mogą być przedmiotem kontroli.
Realizuje zadania audytu wewnętrznego według zasad określonych w ustawie o finansach publicznych w urzędzie i w jednostkach, a także w innych podmiotach zobowiązanych poddaniu się audytowi, poprzez: 1) przeprowadzanie zadań audytowych – zapewniających- planowych i pozaplanowych, w tym zleconych, w celu wspierania marszałka w realizacji celów i zadań województwa poprzez systematyczną ocenę adekwatności, skuteczności i efektywności kontroli zarządczej; 2) przeprowadzanie zadań audytowych - czynności doradczych - na wniosek marszałka lub z własnej inicjatywy w celu przedstawienia opinii lub wniosków dotyczących usprawnienia funkcjonowania jednostki, w szczególności poprzez: a) współpracę z zewnętrznymi organami kontroli oraz z komisją rewizyjną sejmiku przeprowadzającymi kontrole urzędu i jednostek, a także z innymi organami administracji publicznej w zakresie wykonywanych zadań; b) opiniowanie projektów pism do zewnętrznych organów kontroli i komisji rewizyjnej sejmiku; c) opiniowanie przygotowanych przez poszczególne komórki organizacyjne urzędu projektów zawiadomień do rzecznika dyscypliny finansów publicznych o ujawnionych okolicznościach, wskazujących na naruszenie dyscypliny finansów publicznych oraz projektów zawiadomień do innych właściwych organów; d) opiniowanie projektów odpowiedzi w postępowaniach wyjaśniających dotyczących skarg i wniosków; e) opiniowanie projektów odpowiedzi na interpelacje radnych; 3) przygotowanie na podstawie analizy ryzyka w porozumieniu z marszałkiem planu audytu na następny rok; 4) przeprowadzanie czynności sprawdzających w celu dokonania oceny dostosowania działań audytowanych do zgłoszonych zaleceń; 5) sporządzanie sprawozdań z wykonania planu audytu za rok poprzedni; 6) prowadzenie bieżących akt audytu wewnętrznego w celu dokumentowania przebiegu i wyników audytu wewnętrznego; 7) prowadzenie stałych akt audytu wewnętrznego w celu gromadzenia informacji dotyczących obszarów ryzyka, które mogą być przedmiotem zadań audytowych.
Za pracę departamentu odpowiada audytor wewnętrzny – dyrektor departamentu. Audytor podlega bezpośrednio marszałkowi, który zapewnia organizacyjną odrębność komórki audytu wewnętrznego oraz ciągłość prowadzenia audytu wewnętrznego w urzędzie.